支原体检测方法中最经济的方法是荧光指示细胞法。使用荧光染料烟酸己可碱染色，在荧光显微镜紫外激发波长为350nm，发射波长为420nm波段、及40倍或100倍物镜下，支原体污染的细胞经染色后，在细胞核外与细胞周围能看到许多大小均一的蓝色荧光小点和丝状点。
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