原生动物主要栖居在土壤的土层,利用原生动物线虫显微镜来观察土层里面有充足的食物来源,这些土层原生动物主要包括鞭毛虫,变形虫(原生动物)和纤毛虫等。在这辽阔的土壤里不止只有原生动物、线虫在土壤的O区和A区上部还存在一些真菌,因为这些真菌大部分是好氧的,所以在生存在土壤上部,上部有丰富充足的营养供给,这些真菌在自然界也发挥着重大作用,如自然界的纤维素和木质素,它们是木材的主要成分,而大部分细菌又不能分解它们,显微镜下真菌同细菌一起分享这些多聚物的降解产物,然后就把这些物质矿化了。还有很大的作用就是这些细菌是“食肉的”,且这样有助于控制原生动物的数量及线虫动物的数量。它们菌丝体的生长使得其能穿出土壤,并穿透了土壤的毛细孔。它们也能利用土壤粒子聚团生长。在数量上,在微生物群中真菌和细菌来比的话,只是占了很小的一部分。从繁殖体(孢子,菌丝,菌丝体)来看,真菌的数量在土壤中大约(104~106)/g。