中成药显微鉴定，一般根据处方对各组成药材粉末特征作分析比较，排除某些类似的鉴别特征，选取各药具专属的特征，作为鉴别依据。因此，单一药材粉末的主要特征在成药中有时不一定能作为鉴别依据，而某些次要特征有时也可起到鉴别作用。
选取各组成药物显微特征时要考虑到两点：①所选特征在该处方中的专属性；②该特征尽量在处方外的中药中也要有专属性。一般的说，每味组成要选取一个能代表该药的专属 特征即可，如果该特征与其他组成药有交叉，则应选取其他特征，或增加1～2个辅助特征。例如六味地黄丸由熟地黄、山茱萸、牡丹皮、山药、茯苓、泽泻6味药组成，每味药都有数个显微特征，大部分特征又有横向交叉；处方中，茯苓的菌丝与团块、熟地黄具核状物的薄壁组织、山茱萸连柱状增厚壁的外果皮细胞、泽泻具纹孔域的薄壁组织和波状弯曲的内皮层细胞均有较强的专属性。牡丹皮中的草酸钙簇晶是常见的特征，山茱萸亦含少量簇晶，单牡丹皮的草酸钙簇晶排列成纵行，山茱萸含晶细胞皱缩并呈橙棕色，与牡丹皮可以区别。淀粉粒是山药粉末的主体，为避免与泽泻、牡丹皮淀粉的交叉，可选取直径大于20微米者，因泽泻、牡丹皮的淀粉粒均小于25微米。为了提高鉴别的准确度，山药还应增加草酸钙针晶束为辅助特征，这样6味组成药物均为可鉴别。
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