在显微镜下看木类药材指木本植物树干、根形成层以内的所有组织，即主要为次生木质部（木材）。药用一般为心材。次生木质部的主要组成由轴向系统的导管、管胞、纤维、木薄壁细胞及径向系统的射线薄壁细胞。
木类药材通常从三个切面观察组织构造：横切面主要观察木射线宽度（细胞列数）、密度，导管与木薄壁细胞的比例及分布形式，导管和木纤维的形状、直径等；切向纵切面主要观察木射线的宽度、高度及类型，木射线在切向纵切面呈梭形，其宽度是指最宽处的细胞数，高度是指从上至下的细胞数，同时观察导管的类型，导管分子的长短、直径及有无侵填体，木纤维额类型及大小、壁厚度、纹孔等（如沉香、降香）；径向纵向切面呈横带状，与轴向的导管、木纤维相垂直，同切向纵切面观察导管、木纤维等。
木类药材的导管大多为具缘纹孔导管；木纤维可分为韧性纤维及纤维管胞，韧性纤维细胞壁无纹孔或有单斜纹孔，纤维管胞有具缘纹孔；木射线细胞及木薄壁细胞一般木化，具纹孔。还有一些特殊的变化，如沉香有内函韧皮部，细胞壁非木化，并含有草酸钙柱晶；樟木有油细胞；檀香有管状分泌细胞，含草酸钙方晶并形成晶鞘纤维。裸子植物木类药材主要观察管胞及木射线细胞。
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